根据《市委关于开展深入学习实践科学发展观活动的 （二）保税区的产业结构与可持续发展的要求存在差距。一是虽然三个保税区有世界500强企业的45家入驻，也有一批较高端的产业，但由于保税区创立比较早，前期入驻的黄金加工、服装制作、纸品生产等附加值低、税收少和规模小的企业还比较多，而且对这些企业的产业调整难度较大；二是由于保税区区域限制，一些高端产业的企业原计划落户保税区，但因保税区在用地上没法满足要求而落空；三是联检单位的一些政策有一定的滞后性与新形势下企业发展的要求差距较大，也一定程度影响高附加值的企业入住保税区。以上多种因素致使保税区产业结构的转型升级速度不够理想，与可持续发展的要求存在差距。
（四）一些影响和制约保税区和谐发展、可持续发展的问题还比较突出。一是由于我局本身没有一级财政，协调驻区联检单位的经费难以落实，协调难度大，效果差；二是保税区海关、边检、国检等联检单位有些政策比较滞后，同时又与地方税务、工商、外汇金融等管理部门在政策理解上不一致影响了园区企业运作，具体表现为：盐田港保税物流园区电子口岸收费问题影响企业运作；福保、盐保区内外资企业进口分销报关和付汇问题以及出口退税问题未能妥善解决；三是与内地其他保税区实行一级财政体制相比，在硬件设施建设方面效率低下，具体表现为：福田保税区联检场地改造进展缓慢，影响通关运作；沙头角保税区公共设施老化，存在安全隐患；三个保税区周边交通环境有待改善，特别是福田保税区上下班的交通比较拥挤；配套服务提供不足，为保税区员工提供生活配套设施进展缓慢。
总体思路是：坚持以党的十七大和中央 （四）不断提高园区管理和服务水平，确保园区的和谐稳定。受国际金融危机的影响，保税区的管理和服务工作将面临区内企业经营困难而引发的劳资纠纷会不断增多，