（画外音，1904年，复杂的世界格局风云变幻。无数发生了资产阶级革命的国家都愈发强大起来。强大了，便想到扩张。而未发生变革的、陈腐制度下的弱国便在他们的侵略下一个接一个的土崩瓦解，沦为趾高气扬的殖民者的土地。
东亚岛国日本，原本是毗邻欧亚大陆的贫瘠、落后的国家。明治维新之后，日本登上了飞驰的资本主义列车，一跃成为东亚强国。野心勃勃的统治者把侵略的矛头指向中国。轰轰烈烈的甲午战争随着北洋水师的覆灭而告终，一纸《马关条约》将中国一步一步化为帝国主义侵略者的殖民地，一时间，有着五千年文明史、曾经在古老的世界上傲踞群雄的中国，犹如经历着一场猛烈的暴风骤雨，风雨飘摇，危在旦夕。
然而，此时的中国，究竟在做些什么呢？）
（地点：东京上野公园。周树人上。
画外音：戊戌之失，令人愤慨而无奈。祖宗之法固然当变，可变向何方？农工、医药之学，乃人之根本，救国以人之根本，当为明道。求学不易，自当把握其时，可以拯黎民于水火，全余报国之志。）
（两日本人上，对花下一群大辫子的中国人指指点点。）
日甲：看哪，支那人！
日乙：真的？看他们那辫子，哈，哈，真美丽。
日甲：瞧他们多么得意！
日乙：一群浑浑噩噩的家伙！
日甲：看呀，他们还在向我们展示那健美的身躯呢。啐，有了那标致得很的辫子，他们便以为自己可以做大臣了。
（周树人循声看去，一群梳着辫子的“清国留学生”正在樱花树下嬉戏打闹，声音大得震天，不觉吸引了许多路人的目光。他们纷纷这样嘲骂着，那些人却没有一点反应，仿佛没有听到一般。周面露怒色，但并没有走上前去。）
日甲：嘻嘻，哈哈，支那人都是聋子！不，他们听不懂我们在说什么，哈哈，牲口，一群牲口一样的人，他们没有生活目的，天天都可以在酒馆、戏楼和那洗澡的有女人按摩的地方找到支那人的踪迹，多么好的一群人！多么好的民族！哈哈，哈哈，哈哈哈哈哈……
（日本人的嘻笑声越来越大。）
（周树人画外音：一天天过去，这样恶毒的诅咒吞噬着我的神经，那仿佛食人一般的阴影笼罩着我，挥之不去。他们嘲骂你的民族有多么劣等，他们仿佛一边拿尖刀顶着你的喉咙，一边在嘲笑你的懦弱——可是你却无法反驳他们！东京的酒馆、戏楼里面晃荡的辫子不就说明了一切！当你面对那样一帮浑浑噩噩的人时，你又怎么挺起胸脯对他们说“你们错了”？这莫不是他们肆意侮辱我们的最强劲的理由！民族尊严的蛀虫！令人深恶痛绝的蛀虫！我的自卑向烈火一样烧来，啊，我不堪忍受。让人黯然的东京，快些离去罢！）
（火车声）
周（画外音）：我最终决定去仙台。那里很偏僻，对求学本来没有什么好处，却能够避开那些梳着辫子游荡的蛀虫了。
（画外音：下一站，日暮里，请旅客保管好个人物品。）
周：日暮里？陡然想到那自鸣得意的家伙们，不知他们还能得意多久。唉——我应当为他们悲哀了。
（仙台）
周（视排课表）：血管学，神经学，骨学，藤野严……似乎很有名。
（铃声）
（众学生坐好，一片寂静中藤野上——他的领结戴歪了，且外套上浸着油污。更让人注目的是，他没有仅仅拿讲义和教材，却夹了大大小小许多本厚重的书籍。）
藤野（将书放在讲台上，略顿）：我就是那个叫做藤野严九郎的……
众学生：哈哈哈哈哈……
（藤野不语，目视众学生。他们仍然在大笑。）
生甲：这个，这个藤野严九郎……哈哈哈……他终于记得戴领结了，哈哈……还有，他的外套好像洗了……
生乙：真干净！哈哈哈……
生甲：嘿，嘿，藤野先生，今天是不是讲衣服的御寒作用呢？若是把衣服穿得太马虎，要得关节炎的，哈，哈哈……
（教室里一片喧闹，周树人面色严肃，恍如此事根本没有发生。藤野严依旧目视众学生，直至他们停止大笑。）
藤野严：介绍过了，我们开始上课。
（众学生只得安静。）
藤野严：首先我向大家介绍解剖学的历史。这些书，就是已知的，一切关于解剖学的著作。
藤野严：是的。而且，其中有好几本是中国译本。就是说，中国人将它们翻译成中文，我们再翻译成为现在的这些书。
众学生：他们，他们还会做这些？
藤野严：他们做了，如果没有他们的翻译，也许我们还会晚些触这些书。中国人几乎是和我们同时接受解剖学的。
（一片嘘声。藤野严只作不见，周树人的眉头拧得更紧了。）
藤野严：我说的都是实话，没有别的意思。也请诸君相信，我藤野严说的都是关于学术的话。
众学生：啊……唔……
（周树人画外音：藤野先生的话让我有些震惊，也无端地有些感激。然而这感激是脆弱的，这些话似乎没有说过一般，他们并不相信！想想看，他们又怎样去相信呢？仙台在我之外尚没有中国人，可中国人不学无术的名声却扬远了，我又能说些什么？这解剖学的功课更让人厌恶，天天除了机械地背记，几乎无事可做——数年之后，只怕成木偶人矣！我真不知应当不应当学下去。于是，我对功课马虎起来，也不再那样充满激情地追求什么了。）
（一天下午）
学生：周君，藤野先生找你。他要你带着讲义。
周：好的。
（周来到藤野严办公室。藤野先生正伏案疾书，旁边放着一个人头骨，和许多杂乱的资料。）
周：藤野先生。
藤：周君，我的讲义，你能抄下来吗？
周：大致可以的。
藤：拿来我看！
（周将讲义交与藤野。）
藤野：以后一周给我看一次，行么？
周：好。
藤野：我过两三天便给你。你住在6号房罢？
周：是的，先生。
藤野：好罢，我托人送给你。明日便是周末了，不要忘记看书。
周：好的，先生。
藤野：你走罢！我还很忙。周末愉快。
周：您也是，再见，先生！
（几天后）
（周公寓，有人敲门）
周：山口君！
山口：这是藤野严先生托我给你的。
周（打开，有些惊愕）：啊！
山口：我一路上也看了。唉，藤野先生对你真的很用心，不要叫别人知道，否则又要有人说些无聊的话了！
周：谢谢。再见。
（周关上门）
山口：这真是个古怪的人，他为什么总是如此无礼，总是如此懒得和别人说话，为什么如此不屑于别人的关心？我做错了什么事吗？
（周树人房内）
周：想不到，藤野先生批改得这么认真。早知道的话，我是不是应该再做得认真些……不不，这本就是一门无趣的学问，若不是它可以治病救人，可以拯救我的祖国，我又何必来学？……藤野先生，真对不起！
（几天后，课堂）
藤野：周君，跟我来。
周：好的。
（众学生望其背影，不满之声起。）
生甲：那个姓藤野的每次都给他补课？
生乙：他是不是对中国人情有独钟呀？
生丙：不许这样说藤野先生！
生乙：我说错了吗？每次周树人的作业都比我们的**道道多些，写的评语也多些，他又总找他补课，还总要看他的讲义！
生甲：真不知道这是怎么回事！这太不公平了，他给藤野严好处了吗？
（藤野和周树人听到了他们的话。藤野不动声色，周略有局促。）
藤野：我叫你来，主要是谈谈你的解剖图。
周：……哦。
藤野（引周来到桌前，拿出他的解剖图）：你看，这条血管稍微移了一点位置了。事实上它应该在这里——当然了，你这么画美观些，可是解剖学不是美术，要按照实物去画，明白了吗？
周：我知道了，先生。
藤野（笑）：就这些了，你不用这么紧张，周君。
周：我没有，先生。
藤野：周君，我觉得你总不喜欢和我说话，也不喜欢和同学们说话。他们欺负你了么？因为你是中国人就凌辱你，这是不该的，如果他们真这样了，你要告诉我。
周：谢谢，他们……他们……他们并没有的。
藤野：……是么？那么你要尝试和他们交流一下，这对你的日文也是有帮助的。
周：我会的。
藤野：唔……那……那你走罢！
周：再见，先生。
藤野：再见。
（画外音，周树人：藤野先生似乎真的关心我。不仅我觉察到，连那些日本人也感觉出来了。藤野先生为了我背负那么多流言蜚语，我到底应该不应该有些报答？我很矛盾，而随之而来的考试也就到了。也许是亏得藤野先生的帮助，我并没有因为自己的颓唐落下多少功课，为了藤野先生，我竟也努力记了些，因而没有落第。不想考试之后，一场风波降临到了我头上。）
（学校张榜处）
众学生：哎哟！那个姓周的支那人及格了！
生甲：他是不是知道试题了？
生乙：他是不是作弊了？
生丙：姓藤野的漏题给他了！
生甲：不行，太不像话啦！支那人还能及格，那还学什么？不行！
生乙：我们写信吓唬吓唬他！非要让他承认不可！
生丙：对！有道理！
生甲：咱们走！
（周公寓，敲门）
周：你好。
邮递：周树人君。您的信。
周：……我的信？呃……
（周关门，读信。）
周：“你改悔罢！”
周：……（读信）
周：这，这是怎么回事？我想起来了，正是我的分数。对，对，那些人说的是我没有不及格的事！
周：……他们说我知道题？他们说藤野先生漏题给我了？
（周面露怒色，穿衣出门。）
（第二天，教室）
山口：你们太不像话了！
生甲、乙、丙：为什么？
山口：说，这信是不是你们写的？
甲乙丙：不是！
山口：别装了！前几天我在你们那里看到它来着！
甲乙丙：……就算是我们写的，又怎么样？
山口：你们凭什么说周君漏题了？
甲乙丙：就凭他的分数！
山口：他的分数？中国人就不准及格了？
甲乙丙：支那人及格，那才是天方夜潭呢！
山口：你们怎么能这么说！谁跟你们讲的？我看周君好得很，一点也不想你们说的那么卑鄙！
生甲：你总给他说好话，是不是你漏给他题的？
山口：你？！
生乙：就是！支那人及格，肯定不是自己的本事！
生丙：你帮他说话，就是叛国！你是不是大日本公民？
山口：你们……你们真是不可理喻！
（山口愤然离开，生甲乙丙*笑）
藤野（面色严峻）：什么，他们真的给你发了这样一封信？
周：是的。这是他们的信。
（藤野读信）
藤野（击案）：何其侮辱之甚！
周：是的。他们怎么能这么说！先生……
藤野（摆手）：你不用说了。你放心，我一定让他们向你赔礼道歉。周君，这不是你个人和他们之间的问题，而是学术上的一种歧视，这种民族观念是科学研究的大忌。他们这样做，对于学术不会有任何好处，反之，让你蒙受冤屈。我作为你的老师，有责任制止这种行为。你不必说什么，我知道我该怎么做。
周：……谢谢先生。
藤野：你去罢，我会去办。你等着他们来道歉就是了。
周：好的，谢谢先生！
（过了几天，周公寓）
（敲门）
周：你们来这里干吗？
生甲：我们来……
生乙：周君……
生丙：那封信能还给我们吗？
周：……
生甲：我们收回我们的信，也收回我们说的话……
生乙：希望周君不要将信外传，希望周君能……
生丙：退还我们那封信，包括……如果你复制了的话……
周：……（将信给生甲）
生甲：谢谢周君……
（周关门。）
周：藤野先生！山口君！我不知道那几个人怎样硬着头皮来这里道歉，我却清楚你们做了什么——你们在努力扳正一些事情，尽管这些不会给你们带来任何好处，但为了我——为了和你们不相干的中国人的名誉，为了学术，你们还是这样做了。你们想让日本人清楚，中国人不是白痴，不是低能弱智的人，中国人也有智慧，更有尊严，可是——这件事情结束了，另一件事情也许就会开始，中国人的形象不是这样能够抹煞的，只怕我的思绪，就要改变了……
（教室）
（正在播放幻灯影片）
生甲：哎呀，杀中国人！
生乙：他们给俄国人做侦探，哈，跟俄国老子一样傻！
生丙：瞧他们那样儿，那辫子都散架了，活像没梳头的丫头！
（众笑）
幻灯声音：
中国侦探：哼，要杀就杀，要剐就剐，怕什么！
众围观的中国人：哎哟！哎哟！好哎！
中国侦探：哼——啊！（枪声响起）
（围观的中国人一片哄笑）
（教室里也一片哄笑）
生甲：支那人就是这德行——尽装英雄，其实都是草包！
生乙：他们一点也不怕下次杀到自己？
生丙：所以说，他们比牲口还笨！
（周树人愤怒地看着他们，青筋暴起，却仍没有说话。）
幻灯声音：
中国人：刚才你看见杀侦探了没有？那叫一个热闹呀！
另一个中国人：哎哟，我没看见！真可惜。
日本人：嗨，开路的干活！
解说：就这样，大日本枪毙了俄国的走狗，再次见证了大日本的永胜不败。
生甲：好呀！
生乙：痛快！
生丙：好！好！
（周树人忿忿离开，众人仿佛没有感觉他一样。）
（夜，周树人公寓）
周树人：中国人就合当这样死？他们可以为别人效劳，为别的国家“牺牲”，多么悲壮的行为！这简直让人耻笑！殊不知俄国在侵犯我们的土地，他们如果胜利，会怎样压榨我们的国民？呜呼——无法可想！国民有多么愚弱？这是在心灵上的，他们没有民族自尊，没有国家忧虑，他们只计较个人的得失！看看那一个一个为新政流血牺牲的人们都换来了什么罢——哄笑，哄笑，还是哄笑！看看他们笑得有多快活罢，那侦探在笑日本人，中国人在笑我们的同胞，而那些日本人却在笑他们——所有参与这事的、麻木的中国人！一个国家的前途，难道要让这些人破坏？这让我愤怒，让我的热血在燃烧，我不能容忍这一切。从东京到仙台，从中国到日本，这一切我看得太多了。只有和他们一样，我才会继续我的沉默。行动起来罢，我应当思考怎样改变——让他们意识到——他们是中国人，而中国是弱国，所以他们有兴国安邦的责任！
是的，只有改变他们的思想，他们才能不再继续这愚蠢的行为。
（周树人铺开宣纸，奋笔疾书：）
（藤野先生办公室）
周树人：藤野先生，我决定不学医了。
藤野：什么？你不是及格了么？
周树人：对……可是我不喜欢这门课……
藤野：真的……我很遗憾，周君，我一直想要把你教成一个优秀的医学家，给中国送进一些科学技术，这是我的份内之事——起码我觉得是这样。那么，你要去学什么呢？
周：我去学……去学生物学。
藤野：生物学么？也许，也许这是你正确的选择——（面带悲伤）可是，我教的为医学准备的解剖学之类，对生物学没有多大作用。
周：不知道，但是我会记得您的。
藤野：我也是。（拿出一张照片，在背面写字）
藤野：惜别。周君，作为我的第一个中国学生，我希望你能给我些纪念——仅仅满足我一个自私的要求，可以么？
周：说吧，先生！
藤野：我希望你能送给我一张你的照相。真的……这样我能时时记起你来，记起我教过一个中国学生，而他会传播我的知识到中国去，让我的绵薄之力为解剖学的传播做一点贡献。
周（感动）：先生……可是，我适值没有照相了……
藤野（凄然）：是么……那，你到东京后，一定要寄给我啊！
周：我会的，先生。
藤野（与周拥抱）：周君，希望你能够学好生物学。生物学也是很有用的一门学科。
周：谢谢先生，我……我会的。
藤野：那么，再见罢，周君！一路顺风！
周：再见，藤野先生！
（周树人离开）
（山口家）
山口：周君，你决定要走了吗？
周：是的，我决定去东京。
山口：去东京做什么？那里鄙视中国人的人更多。
周：是的。
山口：那你为什么还要……？
周：这个，其实我……
山口：我知道你不愿意和我说话，周君，无论如何，我会为你祝福。我要让你知道，日本人并不都是歧视支那人的，支那曾经给日本许多帮助，这一切我们不能忘记。
周：谢谢你。藤野先生也是这样。
（周、山口握手）
山口：周君，再见了。希望你在东京还能记起这里。
周：我会的。山口君，再见！
（火车站）
周（画外音）：仙台的留学生活终于结束了，而我的思想也在仙台改变。我无时无刻不在想着自己是中国人，也甚至为此而自卑。这一切，我不能放任，也不该放任。我并不是去学生物学，而是要投身于文艺运动了，我要用我的笔来打仗，用我的笔唤醒中国人沉睡的自尊，让他们知道，中国是一个多么让人自豪的字眼，民族是多么不可侵犯的神圣。让他们行动起来，为了中国的命运而呐喊，为了中国的未来而战斗。学医，只能医好一人两人，而广大的文艺运动却可以撼动全国——藤野先生，山口君，原谅我的选择，这是我必须做出、也必须实现的选择。仙台在我的眼里越来越小，也越来越模糊了，可一种希望如同烈焰在我心中燃烧起来，将我包围在这之中。再见了，仙台；再见了，藤野。天黑了，我却仍感觉到振奋——是的，黑夜给了我一双黑色的眼睛，而我却要用它们来寻找光明。